A szövetség a jogszabályi előírásokon túl is figyelemmel kíséri a halak egészségét. Az érvényben lévő, a halgazdálkodásról és a hal védelméről szóló 2013. évi CII. számú törvény és végrehajtási rendeleteiben foglaltak szerint, csak a megfelelő szabályok betartása mellett történik haltelepítés, a halpusztulásokat és a haltetemek összegyűjtését, elszállíttatását a szövetség végzi, költségeit viseli.
A szövetség különös figyelmet fordít a különféle vízszennyezések észlelésére, bejelentésére.
A főleg tavasszal és kora nyáron jelentkező különféle halegészségügyi problémák hátterében a kifogásolható vízminőség áll. A nem megfelelő vízminőség mellett, a tavaszi időszakban a telelés következtében is legyengült (telepített vagy akár helyben telelt halak esetében), gyengébb kondíciójú állomány sokkal könnyebben betegszik meg. A természetes vizeken a gyógyszeres takarmány etetése, vagy egyéb fertőtlenítő hatású kezelés kivitelezése sem engedélyezett.
A magyarországi pontyállományban számos kór és korokozó okoz halmegbetegedéseket. Sok gondot okoz a téli alacsony vízszint, miközben a víztisztítóktól folyamatosan érkezik a „tisztított” víz, a mellékágakból pedig az RSD-be érkező ún. belvíz.
Legveszélyesebb betegségek: koi herpesz vírus, a tavaszi virémia, és ponty álmos betegsége, vagy ponty ödémás betegsége (EDC). A vírusbetegségekre gyógykezelés nem lehetséges.
E betegségek kórokozói emberre nem veszélyesek.
A pontytetű, illetve rákszabású paraziták ellen azonban úgy védekezünk, hogy telepítéskor a halszállítmányokról lesózzuk a parazitákat. Az RDHSZ évente több alkalommal küld vizsgálatra halakat a NÉBIH halkórtani és virológiai laboratóriumába halegészségügyi gyanú esetén.

Tavasszal szinte mindig jelentkezik kisebb-nagyobb egészségügyi probléma a vízterületen. A felmelegedő vízben a korábban szerzett sérülések (telepítési sérülés, kormorán károkozása, vízszennyezés, horgászat) elfekélyesedhetnek, mivel természetes táplálék még kevesebb van a vízben. A télen legyengült, és még nem kellően megerősödött hal pedig nehezen gyógyul, könnyebben megtámadják a vízben lévő paraziták.

Vannak olyan helyek, ahova valami miatt minden évben nagy mennyiségű kisebb ponty áll be. Ezeken a környékeken - pl. Taksonyi holtág - gyakran jelentkeznek hasonló tünetek.

Itt említenénk meg, hogy ha valahol tömeges méreten aluli fogás jelentkezik, akkor az etikai szabályok szerint érdemes módszert, vagy akár helyet változtatni. Ugyanis maga a többszöri kifogás is okozhat olyan sérüléseket, amelyek később elfekélyesednek.